戸田記念国際平和研究所は、ビジョンを同じくする様々な団体と、協力関係や戦略的提携関係を積極的に結んでいます。
現在、APLN（核軍縮・不拡散アジア太平洋リーダーシップ・ネットワーク）、 ELN（欧州多国間核軍縮・不拡散リーダーシップ・ネットワーク）および東アジア財団と協力して研究事業を進めています。
さらに、ノルウェー国際問題研究所（NUPI）、オタゴ大学国立平和紛争研究所（NCPACS）、 スティムソン・センター、コンシリエーション・リソーシーズ、連邦立法に関するフレンズ委員会、Alliance for Peacebuilding（平和構築のための同盟）、USIP（米国平和研究所）、Karuna Center for Peacebuilding（カルナ平和構築センター）とも協力関係を結んでいます。
平和問題について弊所と共同研究をすすめることにご関心のある個人・団体からのご連絡をお待ちしております。